Dawson ed Eve si stanno avvicinando sempre più. Dawson deve filmare la presentazione della squadra di football ed Eve gli comunica la sua chiara intenzione di voler fare del sesso con lui la sera stessa. Dawson si preoccupa di comprare i preservativi. Nel frattempo Pacey e Joey vanno a prendere Andie alla clinica psichiatrica. Questa porta con sé un ragazzo. Più tardi confesserà a Pacey di esserci andata a letto insieme. Pacey, che è rimasto molto ferito dal comportamento della ragazza, alla fine decide di lasciarla. Joey non può fare a meno di osservare come funzionino bene le cose tra Dawson ed Eve, che falliscono il loro primo tentativo di fare sesso dietro le quinte, poichè vengono visti da tutta la scuola. Più tardi Dawson incontra Joey e le regala la catenina che lui indossa sempre. Una relazione tra i due non sembra però più possibile.

Vengono fissati gli esami e sono tutti nervosi e Joey soffre di disturbi notturni. Eve si procura le il test attitudinale e le offre a Dawson. Lui scettico desidera passarle anche ai suoi amici ma nessuno le vuole. Alla fine il questionario viene perso. Tra Pacey ed Andie ci sono delle ostilità. Aizzato da Eve, Dawson sospetta che sia stato Pacey a prendere il questionario e per questo lo offende gravemente fino ad a che i due arrivano a prendersi a pugni. Mentre Pacey viene salvato da Joey, Dawson chiude definitivamente la sua storia con Eve. Alla fine si scoprirà che il questionario è stato preso da Andie.

Dawson riceve da Pacey un video contenente il suo primo incontro con Joey, da piccoli, che lui stesso passerà successivamente alla ragazza. Dawson desidera fare un'intervista a Jack il quale d'accordo con il padre decide di nascondere la sua omosessualità alla telecamera. Però qualcosa va storto e tutti vengono a sapere che è gay e la sua squadra si trova in difficoltà durante una partita, ma Dawson e Jen riescono a salvarlo con una mossa molto astuta. Andie diviene pian piano paranoica e crede che tutti sappiano del suo inganno ma alla fine i suoi timori risultano infondati. Joey e Pacey si accorgono di essersi avvicinati; lui la convince a marinare la scuola ma i due vengono beccati. Per punizione dovranno indossare i costumi delle mascotte durante un gioco. Pacey porta Joey su una barca naufragata durante una tempesta che ha intenzione di rimettere a nuovo. Successivamente Joey guarda il video, datole da Dawson rimpiangendo i vecchi tempi.

Dawson tenta di capire chi sia Eve in realtà soprattutto quando lei fa irruzione in casa di Jen senza una valida motivazione. Dawson indaga sul motivo che l'ha spinta a fare questo gesto arrivando sulle tracce di un segreto: la ragazza è la figlia illegittima della madre di Jen. Joey rifiuta un incontro con il proprietario del locale in cui lavora, Rob. Questo decide così di uscire a cena con Andie. Joey sconsiglia la ragazza di uscirci, ma siccome Andie non le dà retta, li segue arrivando a raggiungerli all'appuntamento. Poi architetta un subdolo piano per rimettersi con Pacey, del quale è ancora innamorata. Henry vorrebbe uscire con Jen, e Jack organizza un incontro senza chiedere alla ragazza se è d'accordo. Jen non trova affatto spiritoso il comportamento di Jack.

Dawson rimane abbastanza scioccato quando vede sua madre, ritornata inaspettatamente da Philadelphia. Mentre Andie accusa Joey di voler sabotare la sua chance per una riconciliazione con Pacey, Jen sciocca tutta la città con il suo comportamento all'annuale "Homecoming-Queen ", ma sciocca ancora di più il timido Henry chiedendogli di accompagnarla a casa.

Questa puntata è in realtà un omaggio al film " Blair Witch Project ". Dawson ingaggia Joey, Pacey e Jen per aiutarlo a preparare una documentazione per il corso di storia sull'isola di Witch, un luogo coperto da un velo di segreti a causa di voci che parlerebbero di apparizione di streghe. Sono tutti spaventati a causa di queste grandi e terrificanti leggende. Dawson e Joey si interrogano sulla loro storia d'amore ormai perduta e sulla loro amicizia mentre Jen e Pacey scoprono un nuovo tipo di amicizia, basato principalmente sul sesso. Ma durante il loro soggiorno nell'isola, succedono fatti inspiegabili che terrorizzano i quattro amici. A scuola, Andie assume un incarico, che porta avanti in maniera fin troppo seria, nel comitato disciplinare della Scuola.

Quando la madre di Jen arriva inaspettatamente a Capeside per la festa del ringraziamento, Dawson confronta la ragazza di adesso con il passato burrascoso che ha trascorso. Jen che è ancora molto adirata con la madre, che non ha intenzione di riprenderla a casa, non ne vuole sapere di lei tanto che le due si dividono nuovamente. Jen e Pacey continuano con la loro nuova amicizia, che però ancora non ha dato dei veri frutti, mentre Gale e Mitch annunciano il nuovo futuro della famiglia Leery: hanno realmente intenzione di divorziare, pur rimanendo lo stesso molto amici.

Joey da a Pacey lezioni di recupero in matematica e lui per ricambiare l'aiuta a ricevere un'ora di ballo necessaria per farle ottenere una borsa di studio, e così i due si avvicinano sempre di più. Dawson trova un preservativo nel suo letto e pensa che questo appartenga a Pacey e Joey, credendo che questi abbiano fatto del sesso, mentre in realtà appartiene a Pacey e Jen. Con l'aiuto di quest'ultima, che non ha il coraggio di rivelargli la verità, comincia a spiare entrambi ed è sorpreso quando scopre delle lezioni di ballo. Poi Pacey gli fa un bellissimo discorso sul fatto che Joey è una ragazza bella intelligente e che non si rende conto che non ci vorrà molto perchè qualcuno si innamori di lei. Alla fine viene fuori della relazione tra Pacey e Jen, che decidono di farla finita. Per la prima volta Jack, sostenuto da Andie, fissa un appuntamento con un ragazzo, che ha conosciuto tramite Internet, ma poi non ha il coraggio di incontrarlo.

Dawson, Jack, Joey ed Andie trascorrono un week-end all'università di Cambridge sfruttando questa occasione per guardarsi intorno sulle scelte future che andranno ad intraprendere. Qui Dawson presenta la documentazione sull'isola di Witch ad un festival ma non ottiene il successo che desiderava, anche perchè il film di una tale Nikki, ha un grande successo, e si abbatte molto. Joey viene per errore messa in stanza con un ragazzo, AJ, con il quale allaccia un'amicizia. Jack cerca di godersi la sua omosessualità mentre sua sorella Andie comincia a sentirsi nuovamente sotto pressione.

E' il momento del grande debutto per Pacey nella recita della scuola. Però Joey non può venire alla prima perchè proprio quella sera ha un appuntamento con AJ per andare a vedere l'aurora boreale, e Pacey ci rimane un po' male. Il regista ha un attacco il giorno della prima e Andie deve fare da regista. Alla fine, nonostante la delusione, Pacey viene convinto da Dawson ad andare in scena, e ovviamente riesce benissimo. Alla fine della sera, dopo che AJ ha baciato Joey e se ne è andato via, Dawson va a parlare con la ragazza: ha deciso di non seguire più il corso di cinema, vi ha completamente rinunciato. Sopra di loro, si vede finalmente l'aurora boreale che non era apparsa mentre Joey era insieme ad AJ.

14 - Una serata particolare

Il preside Greene, espellendo Matt Caufield, ha scatenato una enorme protesta da parte dei genitori. Joey, arrabiata, fonda una specie di gruppo di supporto per il preside, sostenuta da AJ e da Pacey. Gale, nel frattempo, ha deciso di non fare più la giornalista e sta aprendo un ristorante, ma per la causa del preside Greene decide di mettere su ancora un servizio, convinta da Dawson. Mentre preparano tutto per la difesa del preside, Pacey ammette a Jen di essere innamorato di Joey, e lei gli dice che non può continuare così. Alla fine, nonostante tutto, il preside Greene deve abbandonare la scuola. E per fare contenta Joey, Pacey le regala un muro su cui fare un nuovo murale, lasciandola molto sorpresa.

17 - Il momento della verità

Joey nel week end va a trovare AJ a Boston per una cerimonia di premiazione. Quando arriva, scopre che AJ ha un'amica che è per lui quello che lei è stata per Dawson, quindi, la sera stessa lo convince ad andare da lei e affrontare i suoi sentimenti, che cerca di nascondere. Pacey, per punizione da quando ha fatto a botte con Caulfield, deve fare da baby sitter a Buzz, un bambino un po' pestifero col quale però alla fine stringe amicizia. Infine Pacey, che è andato a prendere Joey dopo che lei lo ha chiamato da Boston, riesce a farsi coraggio e, proprio alla fine dell'episodio, la zittisce con un bacio! Dawson, intanto, si immischia nell'apertura del nuovo ristorante di sua madre per cercare di ricongiungere nuovamente la sua famiglia

Dopo il bacio Joey è arrabbiata per quello che Pacey ha fatto e i due si separano in malo modo. Mentre poi Joey trascorre una serata con Jen ed Andie e comincia a capire che quello che prova per Pacey va oltre la semplice amicizia, quest'ultimo, invece, convince Dawson ad andare insieme in campeggio come quando erano piccoli, con l'intento di confessare a Dawson i sentimenti che recentemente ha cominciato a provare per Joey. Allo stesso tempo Jack invita Ethan a cena, ma va tutto storto. Alla fine Pacey e Joey decidono di non dare importanza al bacio e tornare ad essere amici come prima.

Dawson invita Joey, Andie e Pacey, che si porta anche Will, un loro amico d'infanzia, ad una gita primaverile sulle montagne a casa di sua zia Gwen. Joey e Pacey, nonostante l'accordo di amicizia, sono ancora molto tesi, soprattutto quando sono costretti a dormire insieme nello stesso letto. Quella sera, proprio mentre Dawson, grazie a sua zia, capisce quando Joey sia ancora importante per lui, quest'ultima riesce ad ammettere davanti a Pacey quello che prova per lui e così lui la bacia, ma in quel momento passa Gwen, che le consiglia di parlare con Dawson. Ma Joey non ci riesce e alla fine dell'episodio per una volta è lei a baciare Pacey. Jen deve stare attenta a non riceve la concorrenza di altre ragazze per Henry.

La regata annuale organizzata a Capeside per la primavera vede Dawson e Pacey che competono per ottenere il trofeo. Joey non è entusiasta dell'evento. Mentre Dawson le chiede di tornare amici come prima, Joey chiede a Pacey di cercare di tornare ad essere amico di Dawson. Ma il giorno della regata, Dawson, pur di vincere, taglia la strada alla barca di Pacey, infrangendo le regole e venendo squalificato. Pacey e Joey hanno un discorso molto triste durante il quale lei lo implora di non costringerla a scegliere. Poi, cercando di riallacciare i rapporti con Dawson, lo va a trovare portando un film da vedere insieme a lui: ET. Gale si avvicina nuovamente a Mitch provando a riconciliarsi con lui mentre Jen riceve da Henry la notte più romantica della sua vita.

Dawson, Joey ed Andie preparano una propria festa da ballo scolastica, dopo a jack viene vietato di parteciparvi, poichè voleva portarci Ethan. Dawson invita Joey cercando di servirsi di questa serata per riottenere l'amore della ragazza e per rendere Pacey geloso. Forse per ripicca, Pacey invita Andie. La serata finisce male perchè Joey si accorge dei tentativi di Dawson di ingelosire Pacey, anche perchè una volta fuori dal ristorante lui la bacia. Intanto Pacey confida a Andie che ha intenzione di partire per tutta l'estate con la sua barca, la True Love, una volta finita la scuola, e lei in lacrime gli dice che non deve scappare da Joey, ma dirle quello che prova davvero per lei. Jen è distrutta quando apprende che Henry lascerà Capeside per l'estate. Gale e Mitch sono gli unici a festeggiare il loro amore rinato.

I genitori di Dawson si risposano, e Joey sarà la damigella d'onore. Doug le rivela che Pacey sta per partire e così lei va a parlargli, ma lui non cambia idea. Durante una notte di follie, la nonna porta Jen a raggiungere Henry, che sta partendo, per fare la pace, poi Jack va da Ethan e lo bacia, ma solo dopo viene a sapere che lui si è rimesso con il suo ex e così è tristissimo e viene consolato dal padre. Intanto, Pacey chiede a Joey un motivo per non partire, ma lei dice che non può darglielo, dimostrando così di aver scelto Dawson. Ma durante il matrimonio è taciturna e pensierosa e alla fine lei gli confida che ha lasciato Pacey perchè aveva paura di perdere l'amicizia di Dawson, ma se avesse saputo che lui l'avrebbe perdonata avrebbe fatto un'altra scelta. Poi, al matrimonio, Dawson dice un bellissimo discorso su quanto l'amore significhi perdonare, e subito dopo, in una scena bellissima, dice a Joey di andare da Pacey, perchè non vuole che lei si senta costretta a stare vicino a lui e che è chiaro che lei e Pacey si amano. Joey tentenna, e Dawson le ordina di andare e dopodichè si abbandona per terra piangendo. Poi lo raggiungono Jen, Andie e Jen, che con il loro piano di "squadra soccorso amico" cercano di tirarlo su. Joey raggiunge Pacey al molo, e gli dice che lo ama, e che vuole partire con lui. Pacey la fa salire a bordo, si bacino e salpano verso il tramonto...